Erfðagreiningar

Hjá Matís er erfðatækni nýtt til DNA greininga af ýmsu tagi. Verkefnin felast m.a.í erfðagreiningum á nytjastofnum og villtum stofnum og úrvinnslu gagna ásamt raðgreiningum á erfðaefni lífvera og leit að nýjum erfðamörkum og þróun á erfðagreiningarsettum.

DNA greiningar eru m.a. notaðar í fiskeldi til að velja saman fiska til undaneldis. Þetta getur hraðað kynbótum og aukið varðveislu erfðabreytileikans. Erfðagreiningar á villtum stofnum eru notaðar til rannsókna á stofnum og stofneiningum. Má þar nefna lax, þorsk, leturhumar, síld, sandhverfu, langreyði o.fl. tegundir. Nota má erfðagreiningar við rekjanleikarannsóknir og tegundagreiningar hvort sem um er að ræða egg, seiði, flak úr búðarborði eða niðursoðinn matvæli.

Erfðagreiningar hafa verið notaðar í mannerfðafræði undanfarna áratugi en þessari tækni er nú í vaxandi mæli beitt í dýrafræði og sér í lagi er hún mikilvæg við rannsóknir á villtum sjávarstofnum. Þá er einnig mikilvægt markmið að þróa svipgerðartengd erfðamörk en góð erfðamörk eru grundvöllur árangursríkra rannsókna af þessu tagi.

Matís er eina fyrirtækið á Íslandi sem hefur markvisst byggt upp erfðagreiningar á dýrum.

DNA greiningar

Matís býður DNA greiningar á dýrum og umhverfissýnum; þ.a.s foreldra- og stofngreiningar á dýrum sem nýtast í kynbótastarfi, stofnerfðafræði og við rekjanleikarannsóknir auk örverugreininga á umhverfissýnum. Erfðamörk (microsatellite markers og SNP´s) í DNA lífverunnar eru höfð til grundvallar ásamt DNA basaröðum ákveðinna gena.

Helstu erfðagreiningar

  • Foreldragreiningar
  • Stofngreiningar
  • Tegunda- og rekjanleikagreiningar
  • Örverugreiningar
  • Tegundagreiningar á einstökum bakteríum

Erfðagreiningaraðferðir

Hjá Matís hefur á undanförnum árum verið unnið að uppbyggingu á erfðagreiningum dýra. Bæði er unnið með arfgerðargreiningu þar sem notaðar eru endurteknar stuttraðir (microsatellite markers og SNP's) í erfðaefninu, en einnig með raðgreiningar. Ýmis rannsókna- og þróunarverkefni á þessu sviði hafa verið unnin. Sem dæmi má nefna að ný erfðamörk í þorski, síld og leturhumri hafa verið fundin og þróuð áfram í nothæfar erfðagreiningaraðferðir, sem gerir kleift að greina margar arfgerðir samtímis. Þróuð hafa verið mörg erfðagreiningarsett af þessu tagi fyrir ýmsar dýrategundir, sem henta vel bæði við stofngreiningar, við kynbótastarf, við foreldragreiningar og í rekjanleika- og upprunarannsóknir. Einnig er verið að vinna rannsóknaverkefni sem hafa það markmið að tengja svipgerðir eins og vöxt við arfgerðir.

Fyrirtækið hefur mikla reynslu og þekkingu á þessu sviði og tækjakost sem gerir kleift að vinna þúsundir sýna á stuttum tíma.

Raðgreiningar

Matís býður raðgreiningar á genum eða genahlutum auk heilraðgreininga eða hlutaraðgreininga á erfðamengi lífvera. Fyrirtækið notar ABI3730 raðgreiningarvél ásamt FLX (454-Roche) raðgreini sem getur raðgreint allt að 500.000.000 basa á nokkrum klst. Viðskiptavinur kemur með DNA eða lífsýni og sérfræðingar okkar raðgreina það með þeim aðferðum sem henta best í hverju tilviki.

Örverugreiningar

Greiningar á örverum í umhverfissýnum

Matís býður greiningar á örverutegundum í umhverfissýnum án þess að þörf sé á að rækta fyrst úr sýninu. Með þessari aðferð má greina tegundasamsetningu í blönduðu sýni úr sjó, ferskvatni, afrennsli, jarðvegi og fleiru.  Hægt er að fylgjast með breytingum á tegundasamsetningu í  t.d. frárennsli, rekja uppruna örverumengunar og fleira.

Greining á örverum í umhverfissýnum felur í sér einangrun á lífmassa úr sýninu, DNA einangrun, mögnun (PCR) á tegundagreinandi genum (16S rRNA), klónun og hlutaraðgreiningu (u.þ.b. 500bp) í ABI3730 raðgreini. Raðirnar eru bornar saman við þekktar raðir í Genbank sem gefur nánustu ættingja. Miðað er við að raðgreining á 50-100 klónum úr sýni gefi góða mynd.

Viðskiptavinurinn fær niðurstöður sendar í tölvupósti.