• Raðgreiningartæki frá Roche/454 Life Science

Matís – Prokaria kaupir öfluga raðgreiningavél frá Roche/454 Life Science

18.6.2008

Matís–Prokaria keypti nýlega raðgreiningarvél af gerðinni Roche/454 Life Science. Að sögn Ragnars Jóhannssonar, sviðsstjóra Líftæknisviðs Matís, getur tækið raðgreint mikið magn erfðaefnis í einu og opnar nýja vídd við leit að áhugaverðum genum fyrir ný ensím sem nota má í lyfja-, matvæla- og orkuiðnaði. Þessi gen er að finna í örverum sem lifa í heitum hverum í allt að 100 stiga hita og við mjög mismunandi seltu og sýrustig, segir Ragnar.

Áður var notuð svokölluð Gen-Mining aðferð en nýja vélin lækkar kostnað við leit að genum nálega 20-falt. En stóri plúsinn er að öll gen lífverunnar sem kóða fyrir öll ensím hennar, sem skipta hundruðum, nást í einni keyrslu. Til að setja afkastagetu í samhengi þá raðgreinir vélin 1.000.000.000 basapör á einni nóttu – vélin sem fyrir var greinir 100.000 basapör á sama tíma. Hér er því um 10.000 faldan mun að ræða í afkastagetu. Nýja tækið var keypt í samvinnu við Miðstöð í kerfislíffræði við Háskóla Íslands og Tilraunastöð HÍ að Keldum

Sem fyrr segir er tækið af gerðinni FLX frá Roche/454 Life Science og mun það nýtast til ýmissa rannsókna og verður það til dæmis notað við rannsóknir í kerfislíffræði, sem snúast um að greina heildarmynd í starfsemi lífvera, það er samspili efnaskipta og tjáningu gena. Það er nauðsynlegt ef hanna á framleiðslulífverur sem geta stundað flóknar efnasmíðar.

Einnig mun tækið nýtast við rannsóknir á æðri dýrum svo sem á genamengi þorsks, við leit að erfðamörkum og lykilgenum sem stjórna mikilvægum eiginleikum svo sem vaxahraða og sjúkdómsþoli.

Einnig er verður tækið notað við rannsóknir á tjáningu gena sem er mikilvægt í ýmsum rannsóknum tengdum heilsu og heilbrigði, svo sem krabbameinsrannsóknum og rannsóknum á bólgusjúkdómum. Þar er átt við sjúkdóma á borð við gigt, hjarta- og æðasjúkdóma .

Stór kostur sem þetta tæki hefur fram yfir önnur sambærileg tæki er sá að unnt er að raðgreina erfðamengi óþekktra baktería og jafnvel blöndu erfðamengja, sem er mikilvægt í umhverfisrannsóknum. Í nýrri grein í Nature er viðtal við þekkta vísindamenn á því sviði þar sem þeir staðhæfa að þetta sé eina tækið í heiminum í dag sem geti  slíkt.

Á myndinni hér fyrir ofan má sjá Ragnar (tv) og Ólaf H. Friðjónsson við nýju raðgreiningarvélina.




Fréttir