• Logo Matís

Doktorsvörn í líffræði: Erfðabreytingar á bakteríunni Rhodothermus marinus

21.9.2010

Mánudaginn 27. september mun starfsmaður Matís, Snædís Huld Björnsdóttir, verja doktorsritgerð sína „Erfðabreytingar á bakteríunni Rhodothermus marinus“ (e. Genetic engineering of Rhodothermus marinus).

Leiðbeinendur voru Guðmundur Eggertsson prófessor emerítus og Ólafur S. Andrésson prófessor. Auk þerra sátu í doktorsnefnd Dr. Jakob K. Kristjánsson forstjóri Arkea, Sigríður H. Þorbjarnardóttir sérfræðingur á Líffræðistofnun og Dr. Ólafur H. Friðjónsson, verkefnastjóri hjá Matís. 

Andmælendur eru Daniel Prieur, prófessor við Université de Bretagne Occidentale í Brest, Frakklandi og Dr. Valgerður Andrésdóttir, vísindamaður á Tilraunastöð HÍ í meinafræði að Keldum.

Snædís er fædd árið 1973. Hún hefur starfað á Líffræðistofnun, hjá Prokaria og sem sérfræðingur á Líftækni- og lífefnasviði Matís frá 2007. Rannsókn Snædísar beindist að þróun aðferða til að erfðabreyta hitakæru bakteríunni Rhodothermus marinus. Eiginmaður Snædísar er Ægir Þór Þórsson, garðyrkjuráðunautur hjá Bændasamtökum Íslands. 

Varaforseti Líf- og umhverfisvísindadeildar, Karl Benediktsson prófessor, stýrir athöfninni sem fer fram á Hátíðarsal Aðalbyggingar og hefst kl. 13:00.

Ágrip
Rhodothermus marinus er loftháð, hitakær baktería sem var fyrst einangruð úr neðansjávarhverum við Ísafjarðardjúp.  Tegundin er áhugaverð, m.a. vegna stöðu hennar í flokkunarkerfi baktería og vegna aðlögunar hennar að náttúrulegu umhverfi sínu.  Að auki framleiðir R. marinus mikið safn hitaþolinna ensíma sem geta nýst í iðnaði.  Þar á meðal eru ensím sem brjóta niður fjölsykrur og lífmassa.  Hér er annarri Rhodothermus tegund lýst.  Hún var einangruð af 2634 m dýpi í Kyrrahafinu og hlaut nafnið R. profundi. 

Aðalmarkmið þessa verkefnis var þróun aðferða til að erfðabreyta R. marinus.  Aðferð var fundin til að flytja framandi erfðaefni inn í bakteríuna.  Tvö valgen voru notuð, trpB og purA, en þau skrá fyrir ensímum sem taka þátt í nýmyndun tryptofans og adeníns.  R. marinus stofn sem virtist ekki búa yfir skerðivirkni var valinn fyrir upptöku erfðaefnis.  Bæði trpB og purA voru felld úr litningi móttökustofnsins og því má velja fyrir uppbót beggja.  Úrfellingarnar koma í veg fyrir endurröðun milli valgenanna og litningsins og myndun sjáfkrafa Trp+ og Ade+ viðsnúninga. 

Lítið dulplasmíð, pRM21, var einangrað úr R. marinus og raðgreint.  Það samanstendur af 2935 basapörum og stærsti lesrammi þess skráir fyrir próteini sem sýnir samsvörun við eftirmyndunarprótein stórra plasmíða af fjölskyldu IncW.  Plasmíðið var nýtt við tilraunir til upptöku erfðaefnis.  Góð ummyndun fékkst með því að rafgata bakteríuna.  Plasmíðið var einnig notað sem grunnur fyrir smíð skutluferja sem eftirmyndast bæði í R. marinus og Escherichia coli.  Ferjur voru smíðaðar fyrir tjáningu framandi gena í R. marinus og aukin próteinframleiðsla fékkst með því að nota hitavirkar stjórnraðir.  Einnig voru fundin vísigen sem gera kleift að rannsaka tjáningu R. marinus og stýrla hennar.

Þróaðar voru aðferðir til óvirkjunar gena í erfðamengi R. marinus, bæði með tilviljanakenndum og markvissum stökkbreytingum.  Gen voru felld úr litningi bakteríunnar án þess að framandi raðir væru skildar eftir.  Einnig tókst að skipta litningsgenum út fyrir valgen með tvöfaldri endurröðun við línulegar sameindir.  Framköllun breytinga á erfðaefni R. marinus opnar möguleika á rannsóknum á eiginleikum hennar sem og hagnýtingu.  Slíkar aðferðir eru jafnvel enn mikilvægari nú en áður þar sem raðgreining erfðamengis R. marinus var nýlega birt.

27/09/2010 - 13:00
Aðalbygging
Hátíðarsalur


Fréttir