Háskóli Íslands
Háskóli Íslands og Matís ohf. hafa gert með sér samning um að efla verklega kennslu og vísindastarf á sviði matvælafræði, matvælaverkfræði, líftækni og matvælaöryggis.  Hugmyndin með samningnum er að efla fræðilega og verklega menntun nemenda Háskóla Íslands og auka rannsóknir á framangreindum sviðum. Þá er markmiðið að nýta möguleika til samreksturs tækja í þágu sameiginlegra verkefna en Háskólinn og Matís hyggjast kaupa og reka sameiginlega ýmiskonar búnað til rannsókna.

Háskóli Íslands og Matís ætla sér með samstarfinu að vera í fararbroddi í nýsköpun á þeim fræðasviðum sem tengjast matvælafræði, matvælaverkfræði, líftækni og matvælaöryggi. Með samningnum mun verkleg leiðbeining meistara- og doktorsnema Háskóla Íslands fara fram hjá Matís en hugmyndin er að tryggja að gæði rannsókna hjá HÍ og Matís séu sambærileg við það sem best gerist á alþjóðlegum vettvangi á framangreindum fræðasviðum.

Með samstarfinu á einnig að tryggja faglega sérstöðu í því skyni að laða að nemendur og fræðimenn á alþjóðlegum vettvangi. Þá er ætlunin er að fjölga nemendum í grunn- og framhaldsnámi í matvælafræði, matvælaverkfræði og líftækni.

Til að framfylgja stefnu sinni telur Matís nauðsynlegt að Matís að vinna í samstarfi við HÍ að kennslu og þjálfun nemenda.

Háskóli Íslands hefur mótað sér stefnu til ársins 2011, þar sem lögð er áhersla á uppbyggingu doktorsnáms, framúrskarandi rannsóknir og kennslu, auk áherslu á samstarf við stofnanir og fyrirtæki  eins og Matís. Á vegum HÍ eru stundaðar víðtækar rannsóknir og kennsla á þeim fræðasviðum sem Matís fæst við, einkum á vettvangi heilbrigðisvísinda- og verkfræði- og náttúruvísindasviða skólans.

Sjöfn Sigurgísladóttir, forstjóri Matís, er jafnframt gestaprófessor við Matvæla- og næringarfræðideild Háskóla Íslands og hefur samningur þess efnis verið undirritaður. Markmið samningsins er að styrkja kennslu og rannsóknir í matvælafræði.

Auk þess kenna nokkrir starfsmenn Matís í B.S. og M.S. námi við Matvæla- og næringafræðaskor Raunvísindadeildar H.Í. Þetta eru þeir Franklín Georgsson, M.Sc., lektor, Guðjón Þorkelsson M.Sc., dósent og Sigurjón Arason, M.Sc., dósent. Loks er einn úr stjórn Matís starfandi við Matvæla- og næringafræðiskor H.Í., Ágústa Guðmundsdóttir, Ph.D., prófessor.

Háskólinn á Akureyri
Samstarf Matís og HA felur m.a.  í sér að sérfræðingar fyrirtækisins annast kennslu við Auðlindadeild HA, samkvæmt hæfismati (lektor - dósent - prófessor) á ákveðnum sviðum sem tengjast auðlindafræðum. 

Rannveig Björnsdóttir, deildarstjóri Matís á Akureyri, er jafnframt lektor við HA.

Háskólinn í Reykjavík
Opni háskólinn í HR, Matís og Reykjavíkur Akademíuna eru í samtarfi um þróun námskeiða og námslína auk kennslu, til að efla menntun í íslensku atvinnulífi.

Framsækin þjálfun og menntun stjórnenda, sérfræðinga og starfsfólks fyrirtækja gerir þeim kleift að skara fram úr í samkeppni og vera skapandi á tímum breytinga.

„Opni háskólinn leggur metnað sinn í að bjóða íslensku atvinnulífi aðgang að öflugu fagfólki og fagnar því að geta bætt fagsviðum við núverandi framboð Opna háskólans með samstarfssamningum við Matís og Reykjavíkur Akademíuna,“ segir Guðrún Högnadóttur, framkvæmdastjóri Opna háskólans um samstarfið.

„Í starfi Reykjavíkur Akademíunnar er mikilvægt að finna leiðir til að miðla þekkingu þeirra fræðimanna sem þar starfa og hagnýta hana með fjölbreyttum hætti. Í þeirri kreppu sem nú herðir að samfélaginu fer víða fram endurskoðun á grundvallarhugmyndum atvinnulífs og samfélags. Með samstarfi við Opna háskólann tekur Reykjavíkur Akademían í fyrsta sinn þátt í fræðslu fyrir atvinnulífið og ekki þarf að efast um að þar munu gagnkvæm kynni auðga alla sem þátt taka,“ segir Viðar Hreinsson, framkvæmdastjóri Reykjavíkur Akademíunar.

Sjöfn Sigurgísladóttir, forstjóri Matís, leggur áherslu á að samstarfssamningur þessi falli mjög vel að starfsemi Matís enda er eitt markmiða Matís að koma að öflugri kennslu og endurmenntun, m.a. í gegnum samstarf við háskóla á Íslandi sem og aðrar menntastofnanir. „Á þann hátt er búin til öflug tenging á milli vísindastarfs og rannsókna annars vegar og atvinnulífs hins vegar.“

Með samstarfinu vill Opni háskólinn auðga íslenskt samfélag með miðlun og virkjun þekkingar utan hefðbundinna námslína á háskólastigi. Með markvissri þjálfun og menntun starfsmanna geta íslensk fyrirtæki mætt breyttu viðskiptaumhverfi með kraftmeiri hætti en áður.

Auk þess hafa Háskólinn í Reykjavik og Matís boðið upp á fjöldann allan af námskeiðum.

Hólaskóli
Samningur Matís og Hólaskóla kveður m.a. á um að kennarar og nemendur skólans munu vinna að rannsóknar- og þróunarverkefnum með sérfræðingum Matís og að sérfræðingar fyrirtækisins muni koma að kennslu við skólann, einkum hvað varðar leiðsögn við nemenda- og rannsóknarverkefni. Mikilvægur þáttur í samstarfinu felst í því að sameiginlegur starfsmaður Matís og Hólaskóla mun vinna að rannsóknum á vegum beggja aðila.

Sjávarútvegsskóli Háskóla Sameinuðu þjóðanna
Kennsla við SSþ er orðinn hluti af reglulegri starfsemi Matís síðustu árin. Hafrannsóknastofnun hefur veg og vanda af rekstri skólans, en hann er rekinn í góðu samstarfi við Matís, Háskólann á Akureyri og Háskóla Íslands.  Skólinn er starfræktur samkvæmt sérstöku samkomulagi við Háskóla Sameinuðu þjóðanna og er fjármögnun hans að mestu leyti hluti af framlögum Íslands til þróunaraðstoðar. Skólinn veitir sex mánaða nám og starfsþjálfun fyrir fagfólk og sérfræðinga frá þróunarlöndunum og ríkjum fyrrum lýðvelda Sovétríkjanna.